当《飞翔吧!战机少女》出现后，人们开始感觉到了一股神秘而强大的力量——“灾”的存在。这种强大的力量让人类的航空战力变得无力回天，这是一个毁灭性的打击。为了打败“灾”，人类必须开发出新的武器——“子体”。这是一种神秘而强大的兵器，可以对现有机体进行改造。而这种兵器的掌控者，则是座落在高空的操纵机构——“阿尼玛”。你不会相信，这个操纵机构竟然拥有着神秘而华丽的少女外形，就像是天上的仙女般。在这个神秘而美丽的世界里，我们遇见了一个闪耀着红色光芒的战斗机，以及它的驾驶者——阿尼玛·格里芬。这个少女不仅拥有无可匹敌的技术，而且她还拥有着一颗无畏的勇气和对天空的热爱。就在这个世界最黑暗的时候，阿尼玛和一个向往天空的少年相遇了。他们的故事，从此展开。g