柯南和小五郎率领着浩大队伍，踏上了一次神奇而惊险的旅程，来到了坐落在太平洋中的神秘小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古就有着神奇的传说，据说其中隐藏着一个古老的海底宫殿，曾经沉入海底，以及300年前两位女海盗留下的宝藏传说。在小兰和园子不畏传说的背景下，他们在海底宫殿附近潜水时，意外发现了一群正在寻找宝藏的探险者，却不料其中一人被鲨鱼袭击身亡！小兰和园子侥幸逃脱，柯南则发觉那名探险者的死因扑朔迷离，于是与灰原展开了调查。柯南认为探险者之死与宝藏传说有着千丝万缕的联系，他决心揭开背后的真相，而“海底宫殿”的谜题令他耿耿于怀。在某天找到了一个神秘名词“Jolly Roger（海盗旗）”后，柯南以为事情终于有所起色，不料那名探险者却莫名其妙地现身，偷走了之前发现的宝藏！小兰和园子落入探险者的困境，生命岌岌可危！传说中隐藏的信息究竟是什么？海底宫殿到底藏着怎样的秘密？穿越300年的时空，柯南誓言要逐一解开这个谜题，揭示背后隐藏的真相！g